Qualitätskontrolle der Einheiten von quantitativen Labortests am Universitätsklinikum Erlangen

Masterarbeitsthema (Studiengänge Informatik, Medizintechnik, Artificial Intelligence, Data Science) oder Informatik-Projektarbeit (§44 FPOINF)

Hintergrund

Das Datenintegrationszentrum (DIZ) des Universitätsklinikums Erlangen bearbeitet die Bereitstellung klinischer Daten aus der Routineversorgung für die medizinische Forschung. Dabei spielen umfangreiche Informationen aus dem Laborsystem eine wichtige Rolle.

Problemstellung

Im Rahmen der Bereitstellung umfangreicher quantitativer Laborergebnisse bearbeitet das UKER-Datenintegrationszentrum auch eine Harmonisierung der Einheitenangaben auf standardisierte Maßeinheiten wie bspw. Unified Code for Units of Measure (UCUM), was durch uneinheitliche oder fehlerhafte Angaben im Laborsystem der UKER erschwert werden kann. Aufbauend auf einer publizierten statistischen Methodik aus dem Jahr 2022 sollen die im Laborsystem angegebenen Einheiten auf ihre Plausibilität überprüft und semantische Entsprechungen identifiziert werden.

Ziele und Aufgaben

• Adaptierung der im o.g. Paper beschriebenen Methodik für die Laborlandschaft des UKER
• Implementierung der entwickelten Methode in z.B. Python
• Analyse der Ergebnisse auf mögliche systematische Fehlerquellen
• Vorkenntnisse und Voraussetzungen
• Kommunikations- und Teamfähigkeit
• Grundsätzliches Verständnis statistischer Methoden
• Vorerfahrungen in oder Bereitschaft, sich (mit Unterstützung) in folgende Themen einzuarbeiten:
  • LOINC / UCUM
  • Datenbanken
  • Docker
  • Python-Programmierung
  • HL7 FHIR

Kontakt: UKER-Datenintegrationszentrum und Lehrstuhl für Medizinische Informatik.

• Noemi Deppenwiese (noemi.deppenwiese at uk-erlangen.de)
• Dr. Detlef Kraska (detlef.kraska at uk-erlangen.de)
• PD Dr. Dennis Toddenroth (dennis.toddenroth at fau.de)