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Unterstützung der Patientenrekrutierung in klinische Studien im Rahmen des molekularen Tumorboards

Kontakt: Philipp Unberath - philipp.unberath@fau.de - 09131/85-26726

Vergabe einer Masterarbeit (Informatik / Medizintechnik / IuK):

Hintergrund / Problemstellung:

Die moderne personalisierte Krebsmedizin baut neben den Methoden der Genomsequenzierung vor allem auf klinischen Studien zur Erprobung neuer Wirkstoffe auf. Zur Unterstützung der Behandlung soll im Rahmen des Use Case 3 des MIRACUM Projekts cBioPortal als diagnostisches Tool für das molekulare Tumorboard eingesetzt werden. Dieses Tool benötigt neben anderen Anpassungen auch eine integrierte Möglichkeit Studiendatenbanken wie ClinicalTrials.gov effizient und einfach zu durchsuchen. Dies kommt zum einen Institutionen zu Gute, um genügend Probanden für laufende Studien zu rekrutieren, hilft aber auch Patienten, die durch den Einschluss in eine Studie den Zugang zu potentiell effektiveren Wirkstoffen erhalten.

Ziele dieser Arbeit:

  • Erstellen eines Konzepts für die Suche inkl. Anbindung an cBioPortal
  • Entwurf und Entwicklung eines integrierten Tools zur effizienten Studiensuche

Aufgaben / Fragestellungen:

  • Welche Studiendatenbanken gibt es und wie ist deren API gestaltet?
  • Wie können diese Datenbanken durchsucht werden und welche Parameter werden benötigt (Schwerpunkt auf pseudo Natural-Language-Processing, d.h. dem Umgang mit Freitexten)?
  • Wie kann die Suche effizient in cBioPortal integriert werden?

Anforderungen / Voraussetzungen:

  • Grundkenntnisse im Bereich Datenbanken und API-Programmierung (REST)
  • Programmiererfahrung (Java, Typescript)
  • Strukturiertes, Analytisches und selbständiges Arbeiten
  • Studiengänge: Informatik, Medizintechnik, IuK oder Vergleichbare

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