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ETL in der Praxis: Patientendaten für das molekulare Tumorboard

Kontakt: Philipp Unberath - philipp.unberath@fau.de - 09131/85-26726

Vergabe einer Projektarbeit:

Hintergrund / Problemstellung:

Zur Unterstützung der Behandlung von Krebspatienten soll im Rahmen des Use Case 3 des MIRACUM Projekts cBioPortal als diagnostisches Tool für das Molekulare Tumorboard eingesetzt werden. Dafür benötigt dieses Tool jedoch noch einige Anpassungen. Zuerst ist es jedoch notwendig, klinische und molekularbiologische Daten automatisiert in die Datenbank von cBioPortal laden zu können. Dazu muss die bereits verfügbaren Methoden, die ursprünglich für das Laden ganzer Studien gedacht waren, erweitert und angepasst werden.

Ziele dieser Arbeit:

  • Konzept und Implementierung eines effizienten Imports für Einzelpatienten
  • Bereitstellung einer standardisierten Schnittstelle (z.B. REST) für den Importer

Aufgaben / Fragestellungen:

  • Welche Anpassungen sind nötig um Patientendaten effizient importieren zu können?
  • Wie können Patientendaten inkrementell in cBioPortal geladen werden?
  • Wie kann eine möglichst hohe Automatisierung beim Importieren erreicht werden?
  • Wie gestaltet man die Schnittstelle für den Importer?

Anforderungen / Voraussetzungen:

  • Interesse am (molekular-)biologischen Hintergrund hilfreich
  • Grundkenntnisse im Bereich Datenbanken und API-Programmierung (REST)
  • Programmiererfahrung
  • Studiengänge: Informatik, Medizintechnik, IuK oder Vergleichbare

Einstimmende Lektüre: