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Implementierung einer neuen Analysefunktion für die translationale Forschungsplattform cBioPortal

Kontakt: Philipp Unberath - philipp.unberath@fau.de - 09131/85-26726

Vergabe einer Projektarbeit

Hintergrund / Problemstellung:

Die moderne Medizin wird immer personalisierter. Speziell in der Krebsforschung und –behandlung werden Erkenntnisse aus dem Omics-Bereich verwendet, um Patienten gezielter und besser zu behandeln.

Die translationale Forschungsplattform cBioPortal ist eine Open-Source Anwendung, mit der eine Vielzahl von molekularbiologischen Daten analysiert werden können. Zudem kann cBioPortal als lokale Instanz mit eigenen Anpassungen installiert werden.

Es hat sich herausgestellt, dass Forscher zusätzliche Anforderungen an cBioPortal haben, wie zum Beispiel eine spezialisierte Auswertungsmöglichkeit zur Analyse von Korrelation von Genexpression und -mutationen. In dieser Arbeit soll eine solche Analysefunktion in cBioPortal implementiert werden.

Ziele dieser Arbeit:

  • Bereitstellung einer neuen Analysemethode in cBioPortal

Aufgaben:

  1. Analyse des bestehenden Prototyps und der Softwarearchitektur von cBioPortal
  2. Implementierung der Analysemethode in cBioPortal
  3. Validierung bzw. Evaluation der Analysemethode
  4. Idealerweise Einbringen der Arbeit in das öffentliche cBioPortal Projekt

Anforderungen / Voraussetzungen:

  • Interesse am (molekular-)biologischen Hintergrund hilfreich
  • Fortgeschrittene Programmiererfahrung (Java, Javascript, Typescript)
  • Studiengänge: Informatik, Medizintechnik, IuK oder Vergleichbare