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Projektarbeit: Aufbereitung und Visualisierung von Arztbriefdaten im Klinischen Arbeitsplatzsystem (KAS) zur Weiterverarbeitung in i2b2

Hintergrund und Problemstellung

Das IT-Umfeld des Universitätsklinikums Erlangen (UKER) setzt sich aus einer Vielzahl heterogener Systeme zusammen, die täglich im Klinikalltag zum Einsatz kommen. In das klinische Data-Warehouse (DWH) des UKER werden diese Datensätze aus den unterschiedlichen Quellsystemen exportiert und neben dem Berichtswesen z.B für die Beantwortung wissenschaftlicher (medizinischer) Fragestellungen verwendet (Secondary Use). Für die Recherche in klinischen Datensätzen stellt das UKER den Medizinern die Open-Source-Plattform i2b2 der Harvard Medical School zur Verfügung.

Zur Unterstützung und digitalen Dokumentation klinischer Vorgänge wird seit 2003 das klinische Arbeitsplatzsystem (KAS) Soarian® Clinicals der Firma Cerner eingesetzt. Das KAS dient als klinikübergreifende elektronische Patientenakte (EHR) und stellt durch die Anbindung informationsverarbeitender Systeme eine klinische Übersicht aller medizinischen Vorkommen eines Patienten in elektronischer, chronologischer Form dar. Es werden neben der ärztlichen und pflegerischen Dokumentation auch Verläufe und Nachsorgen dokumentiert sowie Arztbriefe erstellt. Ein zentraler Bestandteil der medizinischen Dokumentation ist die elektronische Arztbriefschreibung. Im Laufe und nach Abschluss der Behandlung wird die bisherige Krankheitsgeschichte des Patienten in Form eines ärztlichen Berichts zusammengefasst und für mit- oder weiterbehandelnde Ärzte bereitgestellt. Die Arztbriefinhalte sind jedoch nicht nur für die klinische Routine, sondern auch für wissenschaftliche Analysen von großem Interesse.

Das DWH setzt für jeden neuen Datentransfer aus Soarian® eine entsprechende zu importierende Datenstruktur  voraus. Jedoch basiert die Arztbriefstruktur im KAS auf der Verwendung von XML + CDATA-Segmenten zur Darstellung der Textinhalte, welche eine sinnvolle automatisierte Weiterverarbeitung im DWH erschwert. Im Rahmen dieser Projektarbeit sollen anhand geeigneter Werkzeuge die zu importierenden Textinhalte der Arztbriefe im klinischen Arbeitsplatzsystem aufbereitet (konkret: in ihre inhaltlichen Abschnitte segmentiert) werden, sodass diese in eine für das DWH verwendbare Form konsolidiert und für Forschungsvorhaben in i2b2 zur Verfügung stehen.

 

Aufgabenstellung

  • Anforderungsanalyse und Sichtung der vorhandenen Quelldaten der klinischen Arztbriefe
  • Recherche und Evaluation geeigneter Werkzeuge zur Datenverarbeitung
  • Aufbereitung der Datenstruktur der Arztbriefe in einer für das DWH verwendbaren Form

 

Anforderungen

  • Erfahrungen mit relationalen Datenbanken / SQL
  • Kenntnisse über und praktische Erfahrungen mit Web-Techniken (XML-Verarbeitung, CDATA,….) und einer geeigneten Programmiersprache (z.B. Java, Perl, Python)
  • Interesse an der Medizin

 

Kontakt:

PD Dr. med. Thomas Ganslandt:   Thomas.Ganslandt@uk-erlangen.de