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Eine flexible Plattform zur webbasierten virtuellen Mikroskopie in Forschung und Lehre

Sogenannte Whole-Slide-Mikroskopie-Scanner sind in der Lage, mikroskopische Objektträger mit Präparaten vollständig zu digitalisieren. Die Geschwindigkeit und Qualität dieser Scanner sind inzwischen hoch genug für vielfältige Anwendungen in Forschung und Lehre. Herausforderungen sind bisher jedoch immer noch die umfangreichen Datenmengen und die verschiedenen proprietären Formate.

In einer Kooperation zwischen dem Fraunhofer-Institut für Integrierte Schaltungen IIS und dem Universitätsklinikum Erlangen wurde in den vergangenen Jahren eine Plattform entwickelt, welche einen flexiblen Einsatz von Anwendungen der virtuellen Mikroskopie in Forschung und Lehre ermöglicht. Ein wesentliches Ziel hierbei war es, die Übertragung der Bilddaten derart zu optimieren, so dass eine flüssige Visualisierung hochaufgelöster Details gegeben ist. Zudem sollten nach Möglichkeit verschiedene Formate unterschiedlicher Hersteller eingebunden werden. Eine erste Anwendung war dabei das webbasierte freie Mikroskopieren für Studenten der Humanmedizin und molekularen Medizin. Seit dem Sommersemester 2011 besteht semesterbegleitend die Möglichkeit das Mikroskopieren und Erkennen von Präparaten eigenständig zu üben und zu vertiefen.

Eine Weiterentwicklung forcierte die mikroskopische Forschung und die Unterstützung von verteilten Multicenter Studien. Forschungspartner haben hierbei die Möglichkeit Präparate nach vorgegebenen oder eigenen Kriterien zu bewerten und spezifische Regionen interaktiv zu annotieren. Nach einer Erprobungsphase soll diese Anwendung nun ebenfalls in den Regelbetrieb überführt werden. Der Vortrag widmet sich den Herausforderungen, welche bei der Umsetzung der Plattform und der Anwendungen ergeben haben, sowie einer Demonstration der Funktionalitäten.